El imperio de Britannia invadió Japón usando robots gigantes denominados Knightmare Frames. Japón pasó a ser denominado como Área 11 y sus habitantes, los onceavos. Un britannico que en ese entonces vivía en Japón, Lelouch, le jura a su amigo Suzaku que él destruiría Britannia. Años más tarde, Lelouch está cursando en el instituto, pero es muy común que falte a clases para jugar ajedrez por dinero en plan Póker. Un día cae delante suyo un avión al que acaban de derribar. Este avión había sido secuestrado por onceavos terroristas para apoderarse de un secreto militar que había dentro. Lelouch se mete dentro del avión a investigar y termina siendo capturado por miembros de las fuerzas británnicas, pero uno de ellos se resiste a que le hagan daño: Suzaku. Por intentar protegerlo, Suzaku termina recibiendo un disparo, al tiempo que se revela que el “secreto militar” que transportaba el avión era una nada menos que una chica… Inesperadamente ella activa en Lelouch la habilidad de obligar a todos a cumplir sus órdenes. Usando este nuevo poder, Lelouch logra escapar y decide liderar a los terroristas para enfrentar a la fuerza británnica bajo el nombre en clave de “Zero”.

Sin embargo, a su vez, Suzaku secretamente se convierte en el piloto de un nuevo modelo de Knightmare es puesto a prueba por los británnicos: Lancelot.